ولد مجدي يعقوب في بلبيس، مصر، في 16 نوفمبر 1935. عائلته، من المسيحيين الأقباط الأرثوذكس، تنحدر في الأصل من مدينة أسيوط الجنوبية. بدأ دراسته في كلية الطب بجامعة القاهرة في سن الخامسة عشرة، وتم تأهيله كطبيب عام 1957. ومن عام 1958 إلى عام 1961 عمل في مستشفى جامعة القاهرة. وفي عام 1961، انتقل إلى الدنمارك وعمل في مستشفى جامعة كوبنهاغن.
انتقل magdi yacoub إلى بريطانيا العظمى في عام 1962 وبدأ العمل مع هيئة الصحة الوطنية البريطانية (NHS) في مستشفى لندن للصدر. بدأ بإجراء عمليات القلب الرائدة عام 1967، وتخصص في الأطفال الذين يعانون من مشاكل خلقية في القلب.
أجرى يعقوب عملية جراحية لأطفال لا تتجاوز أعمارهم عدة أيام. ومن عام 1968 إلى عام 1969، قام بالتدريس في جامعة شيكاغو في الولايات المتحدة. وفي عام 1969 بدأ مزاولة المهنة في مستشفى هيرفيلد في لندن، والتي أصبحت فيما بعد مستشفى القلب الرائد في بريطانيا.
أجرى أول عملية زرع قلب على الإطلاق في بريطانيا في عام 1980، وفي نفس العام، أجرى عملية زرع قلب على رجل يُدعى ديريك موريس، الذي انتهى به الأمر إلى العيش حتى عام 2005، ليصبح أطول مريض زرع قلب على قيد الحياة في أوروبا.
وفي عام 1986، أصبح أستاذًا في المعهد الوطني للقلب والرئة في لندن، وهو الآن جزء من كلية إمبريال كوليدج للطب. وأثناء وجوده هناك، ساعد في تطوير الإجراءات التي تتضمن عمليات زرع القلب والرئة. أجرى يعقوب أول عملية زرع رئة حية في بريطانيا عام 1984، بينما أجرى أكثر من 2600 عملية زرع قلب، أي أكثر من أي جراح آخر في العالم.
تقاعد مجدي يعقوب من هيئة الخدمات الصحية الوطنية في سبتمبر 2001، لكنه ظل أستاذًا في إمبريال كوليدج، بالإضافة إلى كونه استشاريًا وسفيرًا عالميًا لجراحة زرع الأعضاء.
تأثر قرار يعقوب بأن يصبح جراح قلب بشكل كبير بعائلته. كان والده حبيب يعقوب جراحًا، وانجذب الشاب مجدي إلى الطب نتيجة لذلك، توفيت عمته الصغرى بسبب إصابتها بتضيق الصمام التاجي (تضيق في صمام القلب)، مما أثر أيضًا على سحب الدواء ليعقوب.
وبعد سنوات قال مجدي يعقوب : “كانت صغيرة جدًا، في العشرينيات من عمرها، وقد ترك لدي انطباع بأنها لا تحتاج إلى الموت. وقد شجعني هذا على أن أصبح جراح قلب” (موقع الجمعية الملكية على الويب) لقد جمع يعقوب دائمًا بين البحث والجراحة في جهوده لمكافحة قصور القلب البشري.