في يوم 16 نوفمبر 1935، وُلِدَ مجدي يعقوب السير في بلبيس، مصر. تربى ونشأ في عدة بلدات وقرى صغيرة مختلفة في مصر. عندما بلغ سن الخامسة عشرة، انضم إلى كلية الطب في جامعة القاهرة بمنحة دراسية كاملة.
بعد فترة من التدريب للدكتور مجدي يعقوب في مستشفى جامعة القاهرة، قضى عامين آخرين في التدريب في مجال الجراحة العامة في نفس المؤسسة، ثم سافر إلى لندن حيث تلقى تدريبه في جراحة القلب والصدر في مستشفى لندن للصدر ومستشفى برومبتون ومستشفيات القلب الوطنية.
بعد أن انتهى من تدريبه في يوليو ١٩٦٨، قضى عاما في جامعة شيكاغو كأستاذ مساعد في قسم جراحة القلب والأوعية الدموية. في أغسطس ١٩٦٩، عاد إلى لندن بوصفه استشاريا في جراحة القلب والصدر في مستشفى هيرفيلد.
بعد مضي أربع سنوات، تم تعيينه أيضاً كاستشاري في جراحة القلب بمستشفى القلب الوطني في لندن، وفي عام 1986 أصبح أول أستاذ في مؤسسة القلب البريطانية لجراحة القلب والصدر في المعهد الوطني للقلب والرئة بكلية إمبريال كوليدج للطب.
قام الدكتور magdi yacoub بإجراء العديد من عمليات زراعة القلب والرئة، وكان الأكثر نشاطًا في هذا المجال من بين جميع الأشخاص الآخرين. ساهمت تجربته السريرية في إجراء جراحات الأمراض المكتسبة والخلقية والحالات التي تؤثر على الشريان الأورطي. كما قام بأبحاث علمية استخدم فيها المختبرات الواسعة التي يملكها، وقد نشر ما يقرب من 800 مقالة علمية. وكانت معظم هذه المقالات متاحة في المجلات الطبية التي يتم تقييمها من قبل النظراء.
في إطار عمله، حصل على العديد من الشارات التكريمية. في عام 1991، تم منحه وسام فارس من قبل ملكة إنجلترا نظرًا لمساهماته في مجال جراحة القلب. وفي عام 1998، تم اختياره كزميل في الجمعية الملكية في لندن. البروفيسور يعقوب يُعتبر عملاقًا بين جراحي القلب والأوعية الدموية. كما أنه أب لثلاثة أطفال.