في نظام تربية الأحياء المائية التقليدي، يمكن أن يؤدي زيادة إفرازات الكائنات المائية إلى تراكمها في المياه، مما يزيد من السمية (التسمم) لهذه الكائنات. أما في نظام الأكوابونيك، فإن المياه القادمة من نظام تربية الأحياء المائية، التي تحتوي على المخلفات الغذائية الناتجة عن الكائنات البحرية المرباة، غالبًا ما تكون الأسماك، تُستخدم لتغذية نظام الزراعة المائية.
