للمنفلوطي أعمال أدبية كثيرة اختلف فيها الرأي وتدابر حولها القول، فمنهم من قال إنه "ملك الإنشاء" ومنهم من قال إنه "تكلَّف في انتقاء مفرداته"، وبين مادح وقادح بقيَ أسلوبه حيًّا في ذاكرة من قرؤوا له، وقد تركَ أعمالاً جلُّها مُعَرَّبة عن الفرنسيَّة، منها:
01 ــ "النظرات": هو كتاب قصصي أدبي، يتألف من ثلاثة أجزاء، يضم مجموعة من مقالات نقاشيّة في الأدب الاجتماعي، والنقد والسياسة والإسلاميات، كان قد بدأ كتابتها منذ عام 1907م ونشرها في الصحف، ولأن جلَّ قصص المنفلوطي كانت مريرة وحزينة فقد كان توصيف عباس محمود العباس العقاد له بـ "أبي المساكين والبائسين" توصيفًا في محلِّه!
02 ــ "العَبَرات": وجمع بين دفَّتيه تسع قصص ثلاث منها من بناتِ تأليفه، وخمس أخرياتٌ عرَّبها، وواحدة اقتبسها، وقد رتَّبها على النحو التالـي: "اليتيم، الحجاب، الهاوية، العقاب، الشهداء، الذكرى، الجزاء، الضحية، الانتقام"، وقد طبع عام 1916م.
03 ــ "في سبيل التاج": أمَّا روايته الأخلاقية"في سبيل التاج" والتي صارع فيها البطل نفسيًّا عاطفتين قوتين هما حب الأسرة وحب الوطن، فضحّى بالأولى فداءً للثانية، ثم ضحى بحياته فداءً لشرف الأسرة، فقد عرَّبها المنفلوطي عن الفرنسية وتصرف بها، وهي في أصلها مسرحية شعرية للأديب "فرانسو كوبيه" أحد أدباء القرن التاسع عشر في فرنسا، أهداها المنفلوطي إلى الزعيم المصري وقائد ثورة 1919م ومؤسس حزب "الوفد" سعد زغلول في عام 1920م.
04 ــ "الفضيلة": رواية عرَّبها المنفلوطي عن اللغة الفرنسية، هي في الأصل رواية للكاتب الفرنسي "برناردين دي بيير" أحد أدباء القرن التاسع عشر، حملت عنوان "بول وفرجيني" فجعلها المنفلوطي بعنوان "الفضيلة" تعبيرًا عن الحب العذري الذي نبتَ في قَلْبيْ بول وفرجيني ودام بينهما.
05 ــ "ماجدولين": وهي رواية من الأدب الرومانسي، عرَّبها المنفلوطي عن اللغة الفرنسية، وكثير من الناس يعزبُ عنهم أنَّ "ماجدولين" هي نفسها "تحت ظلال الزيزفون"، نسجَ قصَّتها الكاتب الفرنسي "ألفونس كار" فأبدع تعريبها مصطفى المنفلوطي.
و"ماجدولين" هي فتاة قَروية حَضَرية وحيدة والدها الذي كان لا يتوانى عن تلبية جميع رغباتها، عاشت قصة حبٍّ عذرية بينها وبين شاب يدعى "ستيفن" تاركًا هذا الحب آثاره على أشجار ومقاعد حديقة المنزل الذي عاش فيه بطل هذه القصة.
06 ــ "الشاعر": رواية عرَّبها المنفلوطي عن اللغة الفرنسية ، هي في الأصل بعنوان " سيران ودي برجراك" الشاعر الذي رغم فصاحته وشجاعته إلاَّ أنه كان دميم الخَلق جدًّا حيث كان أنفه كبير جدًّا وقد وقف هذا عائقًا في سبيل سعادته، القصة للكاتب الفرنسي "إدموند روستان"، ولكن المنفلوطي لم يترجم فقط، بل قام بالتعريب وحوَّلها من مسرحية إلى رواية، ونشرت في عام 1921م.
07 ــ "محاضرات الـمنفلوطي": وهي مختارات من الشعر والأدب العربي القديم والحديث اختارها المنفلوطي وجمعها وطبعها لطلاب المدارس في تلك الفترة.
08 ــ "التراحم": تناول في صفحاته صفة الرحمة، وبيَّن كيف أنها من أبرز صفات الله سبحانه وتعالى.
وللمنفلوطي ديوان شعر يضم نحو 30 قصيدة من الشعر الفصيح، تغلب عليها نزعة التشاؤم والحزن التي رافقته طوال حياته، وقد جُمعت كتبه "العَبرات" و"في سبيل التاج" و"الشاعر" و"الفضيلة" و"ماجدولين" في كتاب موحَّد باسم "الأعمال الجامعة".