في نظام الأكوابونيك، يقوم النبات بدور الفلتر البيولوجي من خلال امتصاص النترات، والتي تتكون نتيجة لتحلل فضلات الأسماك وبقايا غذائها. تبدأ العملية عندما تتخمر هذه الفضلات، مكونة النتريت الذي يتحول بدوره إلى نترات. في حال عدم وجود نباتات،